Το Σύστημα Εσωτερικού Ελέγχου του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας αναφέρεται σε ένα οργανωμένο πλέγμα λειτουργιών και διαδικασιών, το οποίο περιλαμβάνει το σύστημα διακυβέρνησης, τη διαχείριση κινδύνων, το κανονιστικό πλαίσιο, τις πολιτικές, τις διαδικασίες, τις εντολές, καθώς και τη λειτουργία Εσωτερικού Ελέγχου.
Το Σύστημα Εσωτερικού Ελέγχου διαρθρώνεται σε τρία επίπεδα (γραμμές ρόλων), με αρμοδιότητες και ευθύνες, που έχουν ως σκοπό την επίτευξη των
αντικειμενικών στόχων του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας. Στο Σύστημα Εσωτερικού Ελέγχου επιμερίζονται ανά επίπεδο διαφορετικές αρμοδιότητες και ρόλοι στο ευρύτερο πλαίσιο διακυβέρνησης του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας:
- Η πρώτη γραμμή περιλαμβάνει όλες τις διοικητικές, ακαδημαϊκές, ερευνητικές και λοιπές οργανικές μονάδες, δομές, γραφεία και υπηρεσίες, καθώς και το σύνολο των υπαλλήλων με οποιαδήποτε σχέση εργασίας που κατά την άσκηση των αρμοδιοτήτων τους εκτελούν τις διεργασίες εντοπισμού και μετριασμού των κινδύνων, καθώς και την παρακολούθηση και αξιολόγηση των δικλίδων ελέγχου. Επιπλέον η πρώτη γραμμή εφαρμόζει διορθωτικές ενέργειες και διασφαλίζει τη συμμόρφωση με τις νομικές, κανονιστικές και ηθικές υποχρεώσεις.
- Η δεύτερη γραμμή περιλαμβάνει τις οργανικές μονάδες και τα μονοπρόσωπα ή συλλογικά όργανα του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας που έχουν
ως αρμοδιότητα τη διασφάλιση της τήρησης της νομιμότητας, τη διαχείριση των κινδύνων που απειλούν την εύρυθμη λειτουργία του Πανεπιστημίου Δυτικής
Μακεδονίας, καθώς και τη συνολική παρακολούθηση και αξιολόγηση των δικλίδων ελέγχου, που εκτελούνται από την πρώτη γραμμή ρόλων, λειτουργώντας ανεξάρτητα από αυτήν. Ο ρόλος της δεύτερης γραμμής είναι να παρέχει υποστήριξη και παρακολούθηση σε σχέση με τη διαχείριση του κινδύνου, αναπτύσσοντας, εφαρμόζοντας και βελτιώνοντας συνεχώς τις πρακτικές διαχείρισης κινδύνου σε επίπεδο διαδικασιών, συστημάτων και μονάδων. Επίσης, εστιάζει σε συγκεκριμένους στόχους αυτής, όπως ανάπτυξη και εφαρμογή πολιτικής και πλαισίου διαχείρισης κινδύνων, συμμόρφωση με νομοθεσία, κανονισμούς και αποδεκτούς ηθικούς κανόνες, ασφάλεια της πληροφορίας και της τεχνολογίας και διασφάλιση της ποιότητας. Στο Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας ως τέτοιες θεωρούνται ο Εκτελεστικός Διευθυντής, το Τμήμα Νομικής Υπηρεσίας, ο Υπεύθυνος Προστασίας Προσωπικών Δεδομένων και η ΜΟ.ΔΙ.Π. (Μονάδα Διασφάλισης Ποιότητας). - Η τρίτη γραμμή περιλαμβάνει τη Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου, η οποία παρέχει στον Πρύτανη του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας εύλογη διαβεβαίωση και συμβουλευτικές υπηρεσίες σχετικά με την επάρκεια και την αποτελεσματικότητα του συστήματος και των διαδικασιών διακυβέρνησης, διαχείρισης των κινδύνων και των επιμέρους στοιχείων και δικλίδων ελέγχου του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου, που αποτελούν αρμοδιότητα των δύο
πρώτων γραμμών ρόλων.
Επικεφαλής του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας είναι ο Πρύτανης του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας, του οποίου ο ρόλος αφορά, μεταξύ άλλων, στην εποπτεία του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας, στην καλλιέργεια κουλτούρας που να προάγει την ηθική συμπεριφορά και τη λογοδοσία, στην καθιέρωση δομών και διαδικασιών στη διακυβέρνηση, στην εκχώρηση αρμοδιοτήτων, στον καθορισμό του επιπέδου ανεκτικότητας του φορέα στην ανάληψη κινδύνου καθώς και στην άσκηση της εποπτείας αυτού, στην εποπτεία της συμμόρφωσης με τις νομικές, κανονιστικές και ηθικές υποχρεώσεις και, τέλος, στην καθιέρωση και επίβλεψη μιας ανεξάρτητης και αντικειμενικής λειτουργίας εσωτερικού ελέγχου.
Αρμόδιοι Φορείς για τον για τον συντονισμό, την παρακολούθηση και την αξιολόγηση της λειτουργίας της Μονάδας είναι:
α) η Εθνική Αρχή Διαφάνειας,
β) η Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων του Υπουργείου Οικονομικών και
γ) το Ελεγκτικό Συνέδριο.