Ο Εσωτερικός Έλεγχος (Internal Audit) είναι μια ανεξάρτητη, αντικειμενική, διαβεβαιωτική και συμβουλευτική δραστηριότητα, σχεδιασμένη να προσδίδει αξία και να βελτιώνει τις λειτουργίες του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας. Βοηθάει το Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας στην επίτευξη των αντικειμενικών στόχων του, υιοθετώντας μια συστηματική, επαγγελματική προσέγγιση στην αξιολόγηση και βελτίωση της αποτελεσματικότητας των διαδικασιών διαχείρισης κινδύνων, του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου και των διαδικασιών διακυβέρνησης.
Η λειτουργία του εσωτερικού ελέγχου ασκείται από τη Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου, η οποία αποτελεί αναπόσπαστο κομμάτι του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου (Internal Control System) του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας.