Στο πεδίο εφαρμογής των αρμοδιοτήτων και του έργου της Μονάδας υπάγονται όλες οι διοικητικές, ακαδημαϊκές, ερευνητικές και λοιπές οργανικές μονάδες, δομές, γραφεία, υπηρεσίες του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας, τα συλλογικά όργανα αυτού, οι διαδικασίες και οι λειτουργίες του, τα εκτελούμενα σε αυτό έργα, καθώς και τα πληροφοριακά του συστήματα.
Ειδικότερα, η Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας ασκεί τις αρμοδιότητές της πέραν των διοικητικών υπηρεσιών, καθώς και των ακαδημαϊκών, ερευνητικών και λοιπών μονάδων και δομών του Πανεπιστημίου, στον Ειδικό Λογαριασμό Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.) του Πανεπιστημίου, στην Εταιρεία Αξιοποίησης και Διαχείρισης της Περιουσίας του Πανεπιστημίου, στα Ερευνητικά Πανεπιστημιακά Ινστιτούτα και σε άλλους φορείς ή οντότητες που σχετίζονται με το Πανεπιστήμιο, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία και το κανονιστικό πλαίσιο που διέπει κάθε φορέα ή οντότητα.